24 июля 2002 года система «Яндекс.Деньги» была запущена как партнерский проект Яндекса с компанией «Пейкэш».
29 сентября 2005 года пользователям стала доступна возможность работы через веб-интерфейс.
30 марта 2007 Яндекс выкупил долю партнера и стал единственным владельцем ООО «ПС Яндекс.Деньги», сумма сделки не разглашалась. Сделка повлекла смену юридического лица — вместо ООО «Яндекс.Деньги» было образовано ООО «ПС Яндекс.Деньги». Переименование и изменение состава владельцев никак не отразились на пользователях системы. Новая компания также сохранила все договоренности с партнерами системы. «Проект „Яндекс.Деньги“, по сути, — уже давно часть Яндекса, и состоявшаяся сделка только отражает и закрепляет уже де-факто существующую ситуацию. Просто к сделкам такого рода нужно долго готовиться, чтобы провести их гладко, обеспечив при этом бесперебойную работу платежной системы — а это не очень просто для компании с тысячами контрагентов», — сообщила изданию TelNews Евгения Завалишина, возглавляющая платежную систему.

[править] Интерфейсы
В системе используется два типа счета: Яндекс.Кошелек и Интернет.Кошелек. Первый — счет, доступ к которому осуществляется с помощью web-интерфейса. Второй — счет, доступ к которому осуществляется с помощью специальной программы «Интернет. Кошелек». Программа бесплатная, работает под управлением ОС Windows.

[править] Принципы работы
Пользователь вносит любым из возможных в системе способов денежные средства на свой счет. В момент оплаты товара или услуги система отсылает на счет магазина электронные деньги со счета пользователя. Получив электронные деньги от пользователя, магазин предъявляет их в процессинговый центр для подтверждения возможности их использования (достоверности). Проверив, что деньги ранее не использовались и являются подлинными, процессинговый центр подтверждает их платежеспособность магазину и высылает «квитанцию» покупателю. Одновременно производится списание средств со счета пользователя в процессинговом центре и их зачисление на счет магазина. Получив подтверждения подлинности и платежности электронных денег, магазин отсылает квитанцию об оплате на кошелек пользователя и производит осуществление услуги или предоставления товара.

Все эти процедуры производятся практически мгновенно и незаметно для пользователя.

[править] Использование системы
С помощью Яндекс.Денег можно делать покупки в интернет-магазинах, оплачивать услуги связи и ЖКХ, делать взносы в благотворительные фонды. Но не все пользователи системы обращают внимание на то, что нельзя использовать Яндекс.Деньги для какой-либо коммерческой деятельности. Служба безопасности Яндекс.Денег имеет право без объяснения причин и без предупреждения заблокировать кошелек, что часто является неожиданностью для пользователей системы, которым предлагается провести процедуру "идентификации" подтверждающую личность пользователя и включающую письменное объяснение куда и на что они тратят свои Яндекс.Деньги. Указанная процедура фактически является платной для всех, кроме жителей Москвы и Санкт-Петербурга (где находятся офисы компании) так как предусматривает либо комиссионные системе Contact либо оплату нотариусу и почтовые расходы для пересылки идентифицирующих документов.

[править] Код протекции
Код протекции — это способ защитить денежный перевод, который делает один пользователь системы в адрес другого. Это случайное число из четырех цифр. Его можно сообщить получателю по электронной почте, отправить в виде SMS или просто продиктовать по телефону. Защищенный перевод получатель увидит сразу же, но воспользоваться деньгами сможет только после того, как введет код протекции. Если получатель три раза подряд ввел неверный код, или срок действия платежа истек, то средства возвращаются отправителю. Срок действия платежа устанавливается отправителем и может составлять от суток до года. Код протекции можно использовать, например, когда отправитель сомневается, что правильно ввел номер счета получателя. Использование кода протекции бесплатно как для отправителя, так и для получателя платежа.